Исконным фонетическим вариантом является жу́па — он зафиксирован в словаре Йохана Спарвенфельда конца XVII века и отражён в диалектных дериватах, например жýпочка ‘гусиное перо в качестве украшения шляпы’ при более распространенном названии для того же жóпка.

Слово жупа точно соответствует польскому dziupło и dziupla ‘дупло’ и чешскому диалектному d’upa ‘ягодицы’. Эти слова восходят к праиндоевропейскому *dhеup-ā, аблаутному варианту к *dhoup-ā (имеющему более многочисленные континуанты).

«Полагаю, что появление варианта с огласовкой о и последующее постепенное вытеснение старого варианта с огласовой у произошло в рамках довольно распространенной в русских говорах вариативности морфем с у и о (в говорах с различением двух о в такой вариативности как правило участвует закрытое [ô], т. е. максимально близкое к [у] в фонетическом отношении)».